Kvalitet uzorka oblikuje akcionabilni genomski nalaz — analiza 2.002 CGP testa

Kontekst

Sveobuhvatno genomsko profiliranje (CGP) se široko koristi, ali samo manji dio testiranih pacijenata na kraju dobije terapiju vođenu genomskim nalazom. Autori su ispitali koliko tome doprinosi varijabilnost kvaliteta uzorka i tipa testa. Retrospektivno je analizirano 2.002 CGP testa iz 13 ustanova u Japanu (2019.—2025.).

Šta je studija pokazala

• Uporedne grupe: FoundationOne CDx uzorci koji su u potpunosti prošli kontrolu kvaliteta (F1-pass), uzorci prihvaćeni uz rezervu (F1-qual) i CGP iz tečne biopsije.
• Detekcija kratkih varijanti ostala je uglavnom očuvana u F1-qual uzorcima.
• Detekcija promjena broja kopija (CNA) i genomskih potpisa — MSI, TMB i potpis deficita homologne rekombinacije — bila je značajno smanjena.
• Kod adenokarcinoma pankreasa KRAS varijante su detektirane u 93% F1-pass, 88% F1-qual i 57% slučajeva profiliranih iz krvi.
• Ove razlike su se prenijele na udio pacijenata kojima je ponuđena terapija usklađena s genomskim nalazom. Modeli mašinskog učenja predviđali su QC status s AUC 0,72—0,78.

Šta ovo znači u praksi

• Negativan nalaz za amplifikacije, MSI, TMB ili HRD iz uzorka slabijeg kvaliteta treba tumačiti kao neinformativan, a ne kao pouzdano negativan.
• Preanalitika (udio tumorskih stanica, količina i očuvanost DNK, vrijeme fiksacije) mora biti dio odluke o tome koji test naručiti.
• Tečna biopsija ostaje korisna alternativa kada tkivo nije dostupno, ali uz nižu osjetljivost — negativan rezultat iz krvi kod niske tumorske frakcije traži potvrdu iz tkiva.

Ograničenja

Retrospektivni dizajn, podaci iz jednog zdravstvenog sistema i ograničen broj testova po pojedinačnoj indikaciji. Studija ne mjeri ishode liječenja, nego dostupnost i pouzdanost genomske informacije.